Clínica San Rafael de Popayán es un hospital de vanguardia que cuenta con 140 camas de hospitalización para adultos, 7 quirófanos, 31 cubículos de observación de urgencias y 39 camas de cuidados críticos, además del Banco de Sangre del Cauca. La clínica tiene capacidad para atender las necesidades de la región, incluido el apoyo a zonas como el eje cafetero, entre otras. Ofrece un servicio integral de apoyo diagnóstico que incluye radiología convencional, ecografía, arco en C, tomografía, resonancia magnética y angiografía, así como un servicio de laboratorio clínico y patología. Los servicios ambulatorios incluyen oncología con una capacidad de 15 sitios para quimioterapia, y servicios de cardiología no invasiva.